Carlos Castañeda llevó una vida misteriosa. Casi nada es cierto de la vida de Castañeda, él pretendía ser de una conocida familia italiana y que él nació en Brasil en el año 1925. La revista Time ha investigado el registro de inmigración y ha descubierto al contrario, que él nació en Cajamarca, Perú.
Su padre, Cesar Arana Burungara trabajaba como orfebre y su madre se llamaba Susana Castañeda Novoa. Castañeda inventó muchas historias, por ejemplo, decía que su madre sólo tenía 15 años cuando dio a luz a su hijo y que su padre tenía 17 años, pero en realidad ellos tenían diez años más. Su familia se mudó a Lima en 1948. Estudió en el colegio San Ramón y posteriormente asumió la identidad de Carlos Castaneda solamente.
Cerca de 1951, cuando Castañeda tenía 15 o 16 años, él emigró solo a los Estados Unidos. El vivía con una familia adoptiva en Los Angeles. Después del colegio, Castañeda estudió psicología en Los Angeles City College. En 1959 acabó sus estudios allí y entró en la Universidad de California, Los Angeles para estudiar antropología. El mismo año, Castañeda logró la cuidadanía americana y adoptó el apellido de su madre.
En 1960 Castañeda conoció a Don Juan, un anciano que era un indio yaqui y un brujo, en una estación del autobús en Arizona. Castaneda visitaba a Don Juan en la frontera de México y al final empezó a estudiar con el anciano. Como parte de sus estudios, Castañeda experimentaba con las drogas, el peyote y las setas mexicanas.
La leyenda sigue, y dice que don Juan, al regresar a su tierra, fue muerto, según se cuenta como represalia por haber revelado secretos de su cultura al hombre blanco. Así, cuando Castaneda bajó a México para dar con él, sus planes quedaron parcialmente truncados. Pero siendo una de las grandes aficiones de Castaneda la lectura, mundo que le apasionaba hasta consumirle, se empapó de libros de antropología, antiguas culturas, chamanismo y mitología que encontró por las bibliotecas de diversas ciudades latinoamericanas. Y a partir de ahí emprendiendo un trabajo que llegaría a ser conocido en el mundo entero, y que es una mezcla del "antropólogo inocente" que a va a estudiar a un indio ignorante, y que acaba siendo él mismo el investigado, hasta que llega a emprender el arduo camino de convertirse en "hombre de conocimiento".
En 1965 Castañeda dejó de tomar más drogas por el temor de volverse loco. Tres años más tarde, acabó de escribir su primer libro que se trataba de sus experimentaciones con las drogas, “The Teachings of Don Juan: A Yaqui Way of Knowledge”. La Universidad de California aceptó el libro como su tesis y lo publicó en 1968. El libro logró un gran éxito internacional.
Castañeda continuó a estudiar con Don Juan y escribió 11 libros sobre la enseñanza y experiencias con el “diablero”. Hay mucha gente que duda la credibilidad de esos libros. En primer lugar, nadie aparte de Castaneda había conocido a Don Juan. Aunque los críticos lo habían buscado, no hay otros testimonios de la existencia de Don Juan. De acuerdo con Castaneda, Don Juan nació en el 1891 y era parte de la diáspora de yaquis en México. En 1973 el Don Juan murió y Castañeda por supuesto fue al funeral.
Castañeda murió en el 27 de abril de 1998 en Westwood, California de cáncer. Incluso la fecha de su muerte es discutible. Es curioso que no haya fotos ni videos de Castañeda que de los últimos cuarenta años. Él prohibía el uso de las cámaras en todas las situaciones. Amasó una fortuna de casi sesenta millones de dólares como resultado de la venta de sus libros y de sus conferencias.